會造成肛門搔癢症的原因很多， 但是大多數的情形是不明原因，也就是無法找出一個特定的致病因素，但是臨床診斷前，仍要試著找出可能的原因，其中可能的原因包括：
皮膚炎：局部皮膚可能因為糞便的刺激、流汗、潮濕而產生溼疹、皮膚炎， 小朋友可能因為自行擦拭不淨，大人可能從事會大量流汗的工作而產生症狀，另外，成年人的肛門口周圍如果毛髮的量較多，發生肛門搔癢症的機會也比較大。
感染： 包括黴菌、疥蟲、?疹病毒、病毒疣或是某些性病都有可能會引起肛門搔癢， 但是通常會合併其他症狀，比如說紅疹、腫塊或是有分泌物。
某些疾病會造成全身性的搔癢，但是偶爾在肛門口附近會特別嚴重。例如淋巴癌、腎衰竭、缺鐵性貧血或是甲狀腺機能亢進。
某些會侵犯肛門口附近皮膚的皮膚病也會造成肛門搔癢，例如溼疹、硬化性苔癬，另外，少數脂漏性皮膚炎也可能引起。
肛裂和痔瘡也是造成肛門搔癢的原因
蟯蟲感染是造成小朋友肛門搔癢常見的原因，也可能傳染給家中的成年人，所以如果同一家人都有肛門搔癢的症狀，就要考慮是不是蟯蟲感染。
外來的刺激物例如肥皂、香水、乳液或是衛生紙上的染料都可能會使得少部份人肛門周圍皮膚產生刺激而造成搔癢。
有些食物如果未完全消化，在經由糞便排出體外經過肛門口的時候，有可能會產生刺激，這些食物包括柑橘類、葡萄、蕃茄、辛辣食物或是喝了大量的啤酒。除此之外，某些藥物例如經過了腸道排洩出來，也可能會有類似的症狀。
肛門搔癢的惡性循環
有時候，肛門搔癢的情形會因為不當的處理成為一個惡性循環。例如，原本只是輕微的搔癢，患者以為是局部清潔不夠，而特別使用香皂來做局部的清潔，但是如果香皂中的某些成分剛好對局部的皮膚產生刺激，就會讓搔癢的症狀加劇。 |
